巧克力囊肿患者虽然能够正常排卵，但囊肿会导致输卵管机械性堵塞和粘连，影响卵巢的正常排卵功能，破坏卵巢组织，如双侧卵巢癌使卵巢的大部分组织破坏，甚至是患者营养。影响受精卵或胚胎的输送。所以其不孕的发生率较高。因此卵巢巧克力囊肿会引起输卵管堵塞，从而造成不孕。

　　巧克力囊肿轻则只会引起疼痛和月经不调，重则由于囊内压力过高，轻微的动力就会引发囊肿破裂导致感染弥漫性腹膜炎，流至盆腔的血就会刺激腹膜，导致剧烈疼痛，并且会引起盆腔粘连。如果囊肿导致导致输卵管堵塞就会引发不孕的危险。因此，要密切观察囊肿的情况，如果囊肿增大到3-5cm以上就要引起重视了，要尽快进行巧克力囊肿剥脱术，否则一旦自发破裂后果将不堪设想。